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 n el Perú, la Inquisición fue creada por el Rey Felipe II en 1569 y no era sino una filial provincial del Consejo de la Suprema y General Inquisición española. La Inquisición de Lima entró en funciones en 1570, siendo Virrey del Perú Francisco de Toledo. Los primeros inquisidores fueron el licenciado Serván de Cerezuela y el doctor Andrés de Bustamante; pero este último, falleció cuando se hallaba en pleno viaje desde la metrópoli hacia Lima, quedando Cerezuela a cargo del distrito limeño. El Tribunal comenzó sus acciones en un local alquilado que se ubicaba al frente de la Iglesia de la Merced, en el actual jirón de la Unión; pero, como este era muy céntrico y resultaba poco propicio para su funcionamiento, en 1584 se trasladó a la casa de Nicolás de Rivera el mozo, donde funcionó hasta que fue abolida .Una revisión de las cifras dadas por Escandell nos indica que en sus inicios el Tribunal se dedicaba al control de la población blanca. En ella se incluye tanto a los denominados "cristianos viejos" como a algunos descendientes de conversos, principalmente los de ascendencia judía que, evadiendo expresas prohibiciones reales, llegaban a las colonias hispanoamericanas. Hay que reiterar que la gran mayoría de la población estaba constituida por indígenas, los cuales quedaron fuera de la esfera de acción del Tribunal conforme a lo dispuesto por los reyes de España. También resulta llamativo el alto porcentaje de procesados extranjeros, el cual supera su correspondiente participación demográfica. Esta ha sido calculada para el período 1532-1560 entre un 8% y 12%. Ello se explica por razones de Estado que hacían indispensable controlar a posibles espías de las potencias enemigas de España.
Distribución étnica de los procesados
(1570-1600)
| GRUPOS ETNICOS | PROCESOS | PORCENTAJE |
| Españoles | 391 | 78.57 |
| Extranjeros | 86 | 17.30 |
| Mestizos, negros y mulatos | 21 | 4.13 |
| Total | 498 | 100.00 |
Un análisis del cuadro siguiente nos deja en claro que, ante todo, el tribunal limeño se dedicaba a ver asuntos relativos a la moral pública o social, que comprendían el 65.83% del total de procesos. Lo que preocupaba al Santo Oficio era mantener vigente la escala de valores aceptados por la población; es decir, los principios cristianos tales como el respeto a Dios, a la Iglesia, a la Virgen María, al sacramento del matrimonio, al estado sacerdotal y el consiguiente voto de castidad; a los principios morales, etc. Cabe agregar que las herejías propiamente dichas sólo representan el 13.27% del total, lo que demuestra la eficacia de los controles establecidos para evitar la propagación de las sectas protestantes y la infiltración de los falsos conversos en Indias.
Estructura delictiva (1570-1600)
| TIPOLOGIA DE LOS PROCESOS | % |
| Delitos contra la fe (luteranos, judaizantes, moriscos, etc) | 13.27 |
| Expresiones malsonantes (blasfemos, renegados, etc.) | 30.18 |
| Delitos sexuales (bígamos, solicitantes, etc.) | 28.00 |
| Contra el Santo Oficio | 4.63 |
| Prácticas supersticiosas (invocaciones al demonio, hechicería, quiromancia, etc) | . 7.65 | |
| Otros delitos (no específicos) | 16.27 |
Las mayores sanciones que aplicó el Tribunal durante sus años iniciales recayeron generalmente en protestantes extranjeros hacia los cuales existía no sólo animadversión religiosa sino sobre todo política. El primer condenado al quemadero fue el francés Mateo Salado en el auto de fe del 15 de noviembre de 1573. Otros condenados a igual pena, por el mismo motivo, fueron los flamencos Juan Bernal y Miguel del Pilar. Muchos de los procesados como luteranos en realidad eran piratas. Cabe recordar que, por aquel entonces, Inglaterra los utilizaba en su lucha contra España para destruir su poderío económico y militar, establecer puntos de penetración en el Nuevo Mundo y asegurar su control sobre los mares. A la Inquisición fueron llevados algunos como Juan Drake (sobrino del famoso Francisco Drake), Juan Butler, Juan Exnem, Thomas Xeroel, Richard Ferruel, etc. Ellos fueron acusados de luteranismo así como de realizar proselitismo a favor de las sectas protestantes. La mayoría de ellos terminó reconciliada mientras que tres acabaron sus días en la hoguera: Walter Tiller, Eduardo Tiller y Enrique Oxley (05-04-1592)
Entre los casos de alumbrados destaca, sobre manera, el seguido a fray Francisco de la Cruz, el cual es considerado como uno de los más importante de la historia del Tribunal limeño. De la Cruz había estudiado Teología en Toro y Valladolid, llegando a ser catedrático de la materia; además, se desempeñó como rector de la Universidad de San Marcos. Gozaba de la confianza del arzobispo de Lima quien lo había propuesto como coadjutor. Su doctrina, tal como la entendieron los inquisidores, no sólo era contraria a los dogmas católicos sino abiertamente subversiva: enfrentaba directamente al Rey Felipe II proponiendo, inclusive, el nombramiento de otro monarca para el virreinato e instigando a la población a alzarse contra el dominio de la metrópoli.
Como hemos dicho, la unidad ibérica, conseguida por Felipe II en 1580, incrementó la penetración de judíos en América. El Tribunal limeño, desde el momento mismo en que se estableció, había actuado en forma benigna con los judaizantes. En cambio, a partir de dicha unión estos últimos se convirtieron en un verdadero problema para los inquisidores, los cuales comunicaron al Consejo que ingresaban por Buenos Aires y los puertos de Venezuela, Cartagena de Indias, Santa Martha, Maracaibo, etc. Desde allí, llegaban por tierra al Perú, burlando así todas las prohibiciones y los controles decretados. Los soberanos hispanos tomaban estas medidas restrictivas para evitar que casos como el de los falsos judeoconversos se repitieran en sus lejanas y extensas colonias ya que podrían tener enormes consecuencias no sólo religiosas sino también políticas y económicas. Los primeros judaizantes condenados a la hoguera fueron Jorge Nuñez, Francisco Rodríguez y Pedro de Contreras (17-12-1595), quienes salieron en el respectivo auto de fe junto con otros penitenciados por la misma causa.
Juan Fernández de las Heras fue quemado vivo (17-12-1595) por mantenerse pertinaz en sus proposiciones contrarias al dogma católico, entre otras, su rechazo al Sacramento de la Penitencia y al culto a las imágenes. Fernández sostenía que él era una de las personas de la Santísima Trinidad, decía tener visiones divinas, etc.
Las supersticiones y prácticas mágicas de los españoles se multiplicaron en contacto con el mundo americano alimentadas por las de los aborígenes. Generalmente, se trató de procesos a mujeres que acudían a la brujería para asuntos sentimentales, ganarse voluntades o encontrar el remedio a alguna de las numerosas enfermedades. Entre estos cabe mencionar los efectuados a Francisca e Inés Villalobos, mujeres españolas pertenecientes a los grupos sociales más altos de Huamanga, que empleaban a varias indígenas para sus actividades.
En 1610 se delimitó en forma definitiva el área de jurisdicción del Tribunal limeño con la creación de un nuevo distrito con sede en Cartagena, demarcación que subsistió hasta su abolición. Hay que agregar que algunos comisarios del distrito limeño, entre ellos los de La Plata y Chile, por su lejanía de Lima, gozaban de gran autonomía.
Un análisis de la actividad inquisitorial denota un mayor impulso en los primeros años del siglo. En cuanto a los autos de fe, se llevaron a cabo cuatro: el primero el 13 de marzo de 1605; el segundo el 10 de julio de 1608 en el cementerio de la catedral; el tercero el 17 de junio de 1612 en la capilla de la Inquisición; y el cuarto el 17 de noviembre de 1614. De 1600 a 1605 fueron sentenciadas 135 causas y se celebraron dos autos de fe públicos: en el de 1600 fueron 35 los sentenciados y en el de 1605, 40. A partir del breve dado por el Papa Clemente VIII amnistiando a los judaizantes el Tribunal disminuyó sus acciones. En el período que abarca de 1606 a 1621 se sentenciaron 120 causas; se realizó un auto de fe público, donde salieron 18 reos y, asimismo, un autillo en el que se dieron a conocer 9 procesos.
En el período comprendido entre los años 1600 y 1621, se mantuvo como factor de mayor importancia lo referente a la moral pública y privada. Si sumamos los 80 casos de proposiciones -la mayor parte de las cuales son solamente blasfemias y frases escandalosas- con los 86 relativos a la sexualidad y los 9 que se refieren a sortilegios, veremos que alcanzan los 175, lo que a su vez representa más del 68% del total. Esto nos permite sostener que el Tribunal limeño jugó un rol muy importante como mecanismo moralizador y corrector de las conductas alejadas de los patrones éticos establecidos en la sociedad. En cambio los judaizantes, que son el grupo herético más numeroso -llegando a los 61 procesos- así como los luteranos -que alcanzan sólo 9- constituyen, en conjunto, grupos absolutamente minoritarios que demuestran no sólo su propia debilidad sino también la fortaleza de la ortodoxia católica y la escasa penetración de las sectas.
En lo que se refiere al tipo de sentencias, tenemos que la mayor parte de las mismas son abjuraciones que totalizan 173 y equivalen al 67%. Así, las dos terceras partes de los sentenciados abjuraban de sus errores, a ellos se les añadía, mayormente, algunas penas espirituales y el pago de los costos de los procesos o algunas multas. Los reconciliados y los absueltos llegaban a 30 y 29 respectivamente, mientras que los procesos suspendidos fueron 8. Resultaron condenados a muerte 6 y se quemaron 9 efigies. De los condenados al quemadero 5 eran judaizantes portugueses: Lucena de Baltasar, Duarte Núñez de Cea -ambos salieron en el auto de 1600- Duarte Enríquez, Diego López de Vargas y Gregorio Díaz Tavares salieron en el auto de 1605.
El bachiller Juan Bautista del Castillo fue el único limeño condenado a la pena de hoguera -en toda la historia de este Tribunal- por proposiciones contrarias a la fe, las cuales difundió por toda la ciudad en medio del escándalo público.
A partir de 1621 la actividad del Tribunal decayó, con la notoria excepción de los procesos seguidos contra los judaizantes lusitanos, cuyo punto central fue el auto de 1639. La presencia de portugueses se había multiplicado desde la unificación de las coronas y a la mayoría de ellos se les consideraba sospechosos de ser judaizantes. Una muestra de ello es que cuando el inquisidor general nombró como comisario de Potosí al Lic. Lorenzo de Mendoza -clérigo, natural de Coimbra- los inquisidores limeños le expresaron su protesta. Entre los inconvenientes que señalaban referían que en aquella región vivían numerosos portugueses, en su mayor parte judíos, los cuales se consolidarían con la designación de un comisario portugués y sería sumamente difícil poder procesarlos. Ello porque los españoles no se atreverían a denunciarlos por temor a las venganzas y por la posible benevolencia o solidaridad del referido personaje.
Tipología de las causas (1621-1700)
| Tipos de Delitos | Encausados |
| Judaizantes | 137 |
| Luteranos | 6 |
| Proposiciones | 31 |
| Bígamos | 90 |
| Solicitantes | 8 |
| Sortilegios | 7 |
| Contra el Santo Oficio | 16 |
| Varios | 30 |
| Total | 395 |
En el período 1621-1700 aumentó la represión contra los judíos los que, comparativamente, recibían las penas más drásticas. De un total de 395 procesados, 137 lo fueron por judaizantes y 6 por luteranos. El punto más álgido fue el proceso seguido a los comerciantes lusitanos que controlaban la mayor parte del comercio de la ciudad. Además de su conducta religiosa dual, el mayor problema para la corona se debía a su poderío económico y a sus múltiples conexiones con la comunidad judía internacional y con Holanda. Ello implicaba intereses políticos que comprometían la estabilidad del dominio hispano sobre estas tierras. En cuanto a los delitos contra la moral -considerando como tales a la bigamia, las solicitaciones en confesión, la blasfemia, la hechicería y las adivinaciones- alcanzan en conjunto los 206 casos.
La etapa comprendida entre 1622 y 1641 fue la de mayor actividad del Tribunal en este siglo. Se vieron 199 causas. Los procesos a judaizantes fueron los más numerosos e importantes, 127 casos; los sortilegios y brujerías, 29. Los judaizantes portugueses siguieron siendo los que recibían las más drásticas sanciones. Así, en el auto de fe del 21 de diciembre de 1625, dos de ellos fueron conducidos al quemadero: Juan Acuña de Noroña y Manuel Tavares; otros tantos fueron quemados en huesos y estatuas: Manuel Núñez Magro de Almeida y Garci Méndez de Dueñas. En la década de los treinta revistieron especial interés estos procesos, los que aumentaron a raíz del descubrimiento del principal grupo de judaizantes de que se tenga conocimiento en toda la historia del Virreinato del Perú. Estos controlaban buena parte del comercio de la Ciudad de los Reyes, con múltiples conexiones, inclusive más allá de la jurisdicción del distrito limeño. Los juicios seguidos en su contra llegaron a totalizar, incluyendo a sus familiares, 74 en sólo dos años (1634-1636). Las sentencias de la mayor parte de estas causas fueron dadas a conocer en el auto de fe del 23 de enero de 1639, en el que 11 judaizantes portugueses fueron llevados al quemadero: Antonio de Vega, Antonio de Espinosa, Diego López de Fonseca, Francisco Maldonado da Silva, Juan Rodríguez da Silva, Juan de Azevedo, Luis de Lima, Manuel Bautista Pérez, Rodrigo Vaez Pereira, Sebastián Duarte y Tomé Cuaresma; además, Manuel de Paz fue quemado en huesos y estatua.
Es conveniente señalar que, por entonces, se denunció la participación de la comunidad judía internacional y de Holanda en una conspiración para adueñarse de las colonias hispanoamericanas. Los miembros de la primera darían su apoyo a la segunda, a cambio de que esta les concediese libertad para realizar sus prácticas religiosas así como otros beneficios de carácter político, social y económico. Con dicho motivo se constituyó la Compañía Holandesa de las Indias Occidentales, financiada, en su mayoría, por judíos con quienes tenían tratos y contratos los judaizantes portugueses que controlaban una gran parte del comercio de Lima. Asimismo, existían rivalidades evidentes entre portugueses y españoles por la conquista de América, las cuales se incrementarían con la declaración de independencia realizada por Portugal.
Durante el período 1642-1667 el número de causas sentenciadas alcanzó la cifra de 88. Esta vez, los casos de judíos apenas llegaron a 10 correspondientes a la culminación de las investigaciones de la etapa anterior. Los procesos por sortilegios fueron 24, los de bigamia 22 y en menor cantidad los de proposiciones heréticas. Según José Toribio Medina la cifra se elevaría a 111 considerando los 23 sentenciados en el auto de fe del 23 de enero de 1664. En el auto del 8 de octubre de 1667 sólo salieron cuatro reos, tres de ellos por proposiciones -dos clérigos y un sobrino, todos extranjeros- quienes eran partidarios de una especie de naturalismo.
El tercer período de este siglo abarca desde 1668 hasta 1696 y en él hubo un total de 108 causas. Cabe destacar que no se dieron autos de fe en la Plaza Mayor; en cambio se realizaron dos autillos, ambos en la iglesia de Santo Domingo, en 1693 y 1694 respectivamente. Este último incluyó la causa de Angela Carranza. Igualmente, resulta importante resaltar que los procesos por bigamia totalizaron 57, casi la mitad del total; se mantuvieron los correspondientes a delitos de sortilegios y desaparecieron los efectuados a judaizantes. En consecuencia, el Tribunal se dedicaba más a la defensa de la moral que al combate de las poco significativas actividades heréticas.
Para entender el comportamiento del Santo Oficio en las Indias durante el siglo XVIII se torna indispensable considerarlo dentro del contexto histórico. En él destaca el cambio de dinastía efectuado en el año 1700 con el acceso y entronización del primer monarca borbón. Las corrientes racionalistas en boga insurgieron contra las tradiciones y todo aquello que consideraban sinónimo de conservadurismo. El predominio inglés comenzó a consolidarse con mayor fuerza después de la Guerra de Sucesión Española y del Tratado de Utrecht. Con el inicio de la expansión anglosajona por tierras americanas, la corona hispana percibió el peligro de la pérdida de sus inmensos dominios; además, la metrópoli dependía de navíos de diversas nacionalidades europeas para el intercambio comercial con sus posesiones. Por su parte, el Santo Oficio mostraba el declive de sus actividades, especialmente desde los años cincuenta. Ello propició la coincidencia del proceso emancipador con la abolición del Tribunal.
Nuevas corrientes ideológicas, con claras connotaciones políticas, se hicieron presentes llamando la atención de los monarcas y, por supuesto, del Santo Oficio. Este no sólo se vio ante amenazas a la fe y la moral sino, al mismo tiempo, al sistema político en el cual estaba insertado. Estas doctrinas se desarrollaron inicialmente en reducidos círculos intelectuales. El contrabando de libros prohibidos se incrementó junto con el aumento de la penetración de extranjeros que llevaban a España las nuevas ideas e inquietudes del siglo. Ambos hechos influyeron en los cambios producidos en las universidades y en la creación de sociedades de amigos del país, propugnadoras estas últimas de reformas profundas en beneficio del progreso de las colonias. Estas corrientes innovadoras fueron adaptadas en las Indias, es decir, se acriollaron. Así, se produjo una mezcla de racionalismo y tradicionalismo manifestado en la adopción de criterios del primer tipo junto con el mantenimiento de la fidelidad a la Iglesia Católica.
De los 319 procesados, 90 lo fueron por sortilegios y 97 por delitos sexuales (77 por bígamos y 20 por solicitantes), lo que en su conjunto equivale a un 58% de los encausados. Estos se vieron en tal situación por haber cometido delitos contra la moral, de la cual el Tribunal era celoso guardián. Por otra parte, los delitos contra la fe propiamente dichos llegaron a los 102; de estos, 49 por sustentación de proposiciones heréticas, 36 por luteranismo y 17 por judaizantes. Además, 4 fueron encausados por faltas contra el Santo Oficio y otros 26 por diversos motivos. El único caso de condena al brazo secular fue el de Ana de Castro. La mayoría de los enjuiciados fue sentenciada a realizar las consabidas abjuraciones ad cautelam, a las cuales se agregaban penas espirituales y, en los casos más serios, penas corporales y destierros. Es necesario reiterar que los conflictos entre el Tribunal y las autoridades eclesiásticas -entre ellas los arzobispos de Lima- eran frecuentes debido, principalmente, a que los inquisidores solían sobrepasar la jurisdicción de aquellas. Las relaciones entre el Santo Oficio y los jesuitas nunca fueron buenas pero empeoraron cuando el P. Diego Francisco Altamirano, Visitador y Vice-Provincial de la Compañía, dispuso que ningún miembro de esta admitiese el oficio de calificador sin licencia previa del provincial.
El Tribunal estuvo totalmente paralizado entre los años 1725 y 1730 después de lo cual fue reactivado. La inactividad de este distrito hizo que la Suprema amonestara severamente a los inquisidores, amenazándolos con la destitución si no mejoraban su desempeño. El 23 de diciembre de 1736 se realizó el único auto de fe público del siglo, en el cual se pronunció la última sentencia a la hoguera. Esta correspondió a María Francisca Ana de Castro, judaizante, la única mujer condenada a tal pena por el Tribunal de Lima. Era natural de Toledo, de unos cincuenta años de edad.
La mayor parte de las causas del período 1700-1750 correspondieron más a delitos contra la moral -sortilegios, bigamia, etc.- que a las herejías propiamente dichas. De estas últimas sólo hubo cuatro procesos contra judaizantes, lo que demuestra que su importancia había disminuido notoriamente. A pesar del decremento de juicios seguidos a los judíos, estos siguieron recibiendo las sanciones más enérgicas: tres de ellos sufrieron confiscación de bienes y destierro. El otro caso fue el de la referida Ana de Castro, quien fue la única condenada a la hoguera en todo el transcurso del siglo XVIII. Además, fueron encausadas 36 personas por luteranas, la mayoría de ellas inglesas o francesas. La mayor parte de los encausados por tal delito se presentaron voluntariamente ante el Santo Oficio a solicitar su reconciliación. Esta les era concedida ad cautelam, sin otro tipo de penas que las espirituales: rezar determinado tipo de oraciones, realizar ayunos, confesarse, comulgar, etc.
En lo que respecta a las proposiciones heréticas estas llegaron a 42, incluyendo los casos de blasfemia. Cabe destacar las sanciones que recibían los bígamos, las que consistían en alguna cantidad de azotes, el destierro por un tiempo determinado -entre seis meses y diez años- el pago de alguna multa, etc. Así, el Tribunal de la Fe defendía celosamente el Sacramento del Matrimonio y, al hacerlo, se constituía en el protector de la familia, en especial, las mujeres y los hijos. Recordemos que los bígamos solían dejar en total abandono material y espiritual a sus hogares. Ante ello el Tribunal actuaba con un evidente y loable sentido humanitario.
En cuanto a los casos de brujería y sortilegios el Santo Oficio resultó sorprendentemente benigno para su época. Mientras en los países protestantes se cuentan por decenas y aún cientos de miles las víctimas de la caza de brujas que terminaron sus días en la hoguera, el Tribunal consideraba que se trataba de un delito debido a la ignorancia de las gentes y no tenía más realidad que la que sus mentes le asignaban. A los culpables se les sentenciaba a recibir una cantidad variable de azotes que fluctuaba entre los 50 y los 200. Se podía añadir, dependiendo de la gravedad de los hechos, el destierro por tiempo determinado, la prestación de servicios en hospitales y presidios, el pago de alguna multa e, inclusive, la confiscación de bienes.
En la segunda mitad del siglo XVIII se acentuó notoriamente la decadencia de la Inquisición, tanto en la metrópoli como en las colonias. En estas últimas, su declive tuvo como ingrediente adicional el surgimiento de movimientos separatistas y la contribución que prestó el Santo Oficio -en tanto entidad conformante del aparato estatal hispano- a la causa realista. En Hispanoamérica al igual que en España disminuyó el número de procesos. Entre las faltas que en estos tiempos perseguía el Tribunal tomaron una creciente importancia los escritos de autores revolucionarios o sediciosos, los que eran divulgados entre los sectores más ilustrados de la sociedad.
Desde mediados del siglo XVIII hasta la abolición del Tribunal (1750-1820) hubo un total de 51 causas. Entre ellas figura un rebrote de judaizantes -hacía 1774 habían 13 en las cárceles inquisitoriales- y la aparición de los primeros casos de francmasonería. En cuanto a los autillos dados en el transcurso del siglo XIX, en la capilla del Tribunal, tenemos los siguientes: 1800, 18 de febrero; 1803, 27 de agosto; 1805, 27 de setiembre; y 1806: 17 de julio. Los procesos debidos a la lectura de libros prohibidos fueron pocos. Entre ellos destacan el seguido contra Ramón Rozas -asesor del virrey- y el realizado al Barón de Nordenflicht. Este último era miembro de la comisión alemana de minería que vino al Perú, por encargo del rey, a instalar el sistema de amalgama "de cazo". Por su parte, los juicios realizados a luteranos siguieron centrados en los extranjeros (ingleses, franceses, holandeses, etc.). Hay que resaltar que la mayor parte de los procesados, con la notoria excepción de los casos de brujería y sortilegio, eran blancos.
Procesados por el Tribunal de Lima según sexos
(1569-1820)
| Sexo | Número | Porcentaje |
| Hombres | 1294 | 87.79 |
| Mujeres | 180 | 12.21 |
| Totales | 1474 | 100.00 |
En los dos siglos y medio de la Inquisición en Lima -cuya jurisdicción comprendía los territorios actuales del Perú, Bolivia, Chile, Argentina, Uruguay y Paraguay- el Tribunal sentenció a 1474 personas, aproximadamente, la mayoría de las cuales fue condenada a pagar multas, rezar oraciones, colocarse el sambenito, etc. El total de los casos en que se aplicó la pena de muerte fue de 32; la mitad de ellos quemados vivos y otros tantos condenados al garrote. De los condenados a muerte, 23 lo fueron por judaizantes (15 portugueses, 7 españoles -de los cuales 4 eran hijos de portugueses- y un criollo, también hijo de portugueses; 6 por luteranos (3 ingleses, 2 flamencos y 1 francés); 2 por sustentar y difundir públicamente proposiciones heréticas -uno de ellos fue el limeño Juan Bautista del Castillo (1608), mientras que el otro era español- y un alumbrado (español).
Condenados a muerte por el Tribunal de Lima
(1569-1820)
| Delitos | Número | % |
| Judaizantes | 23 | 71.88 |
| Protestantes | 6 | 18.75 |
| Proposiciones | 2 | 6.25 |
| Alumbrados | 1 | 3.12 |
| Total | 32 | 100.00 |
La Inquisición fue abolida por decreto de las Cortes de Cádiz, el 22 de febrero de 1813. Abascal, el 30 de julio de ese año ordenó la publicación en Lima del decreto de abolición. Días después, al permitirse a un grupo de personas que ingresasen al local , se produjo el lamentable saqueo de las instalaciones con la consiguiente pérdida de valiosa documentación sobre el accionar inquisitorial. En 1814, cuando el Rey Fernando VII fue restablecido en el trono, se dispuso que volviese a funcionar el Santo Oficio pero su existencia ya fue más nominal que real. Para el Perú fue abolido definitivamente en 1820 a raíz del proceso emancipador con el cual se suprimió todo tipo de dependencia política de España.
CONDENADOS A MUERTE POR EL TRIBUNAL DE LA INQUISICIÓN DE LIMA
(1569-1820)
| Nombres | Origen | Motivo | Fecha |
| 01) Salado, Mateo | Francés | Luterano | 15-11-1573 |
| 02) De la Cruz, Francisco | Español | Alumbrado | 13-04-1578 |
| 03) Bernal, Juan | Flamenco | Luterano | 29-10-1581 |
| 04) Del Pilar, Miguel | Flamenco | Luterano | 30-11-1587 |
| 05) Tiller, Walter | Inglés | Luterano | 05-04-1592 |
| 06) Tiller, Eduardo | Inglés | Luterano | 05-04-1592 |
| 07) Oxley, Enrique | Inglés | Luterano | 05-04-1592 |
| 08) Nuñez, Jorge | Portugués | Judaizante | 17-12-1595 |
| 09) Rodríguez, Francisco | Español | Judaizante | 17-12-1595 |
| 10) De Contreras, Pedro | Español | Judaizante | 17-12-1595 |
| 11) Fernández, Juan | Español | Proposic. | 17-12-1595 |
| 12) De Lucena, Baltasar | Portugués | Judaizante | 10-12-1600 |
| 13) Nuñez de Cea, Duarte | Portugués | Judaizante | 10-12-1600 |
| 14) Enríquez, Duarte | Portugués | Judaizante | 13-03-1605 |
| 15) López de Vargas, Diego | Portugués | Judaizante | 13-03-1605 |
| 16) Díaz Tavares, Gregorio | Portugués | Judaizante | 13-03-1605 |
| 17) Bautista del Castillo, Juan | Limeño | Proposic.. | 01-06-1608 |
| 18) Acuña de Noroña, Juan | Portugués | Judaizante | 21-12-1625 |
| 19) Tavares, Manuel | Portugués | Judaizante | 21-12-1625 |
| 20) De Vega, Antonio | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 21) De Espinosa, Antonio | Español | Judaizante | 23-01-1639 |
| 22) López de Fonseca, Diego | Español | Judaizante | 23-01-1639 |
| 23) Maldonado da Silva, Francisco | Tucumano | Judaizante | 23-01-1639 |
| 24) Rodríguez da Silva, Juan | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 25) De Azevedo, Juan | Español | Judaizante | 23-01-1639 |
| 26) De Lima, Luis | Español | Judaizante | 23-01-1639 |
| 27) Bautista Pérez, Manuel | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 28) Váez Pereira, Rodrigo | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 29) Duarte, Sebastián | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 30) Cuaresma, Tomé | Portugués | Judaizante | 23-01-1639 |
| 31) Henríquez, Manuel | Portugués | Judaizante | 23-01-1664 |
| 32) De Castro, María Francisca Ana | Española | Judaizante | 23-12-1736 |
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